第一，卢汉下令逮捕的20多个参议员，原来都是平时踉他过不去的，并没有按亲共反蒋来划线。第二，“九·九整肃”的行动正式开始于9月9日的晚上，而在此前，已经有人先去云南大学、师范学院报警，真正列入黑名单的重点分子，全部逃逸，有证据表明，这是卢汉指使人干的。第三，卢汉回到昆明后，先把邱开基扣押起来。而邱是当地人，老军统分子，非常熟悉情况，曾任云南省警保处长，唐纵因为嫌他对付共党游击武装缺少办法，给了撤职的处分。
卢汉担心毛人凤在“整肃”中重新启用邱，便率先把他扣押了。
了解到这些情况，毛人凤更加坚定原先的看法，认为卢汉答应“整肃”，只是权宜之计，他绝不可能与总裁同心同德，于是，把几方面的情报整理成文，向蒋介石作了详细的汇报。老蒋看了情报，将信将疑，又派国防部长徐永昌、西南军政长官公署参谋长肖毅肃到昆明察验，徐、肖本来就是张群怀柔政策的拥护者，带着有色眼镜兜了一圈，便下定论，认为卢汉决无投共的可能。毛人凤心焦如焚，再写报告，措辞越来越重，直言不讳地指称卢汉，要反蒋投共。
蒋介石见毛人凤如此固执，又深信其细致慎重的秉性，倒也不敢轻视，当即决定亲飞昆明一趟，再向卢汉施加一把压力。蒋经国担心父亲弄险惹出意外，请求先去昆明打前站，老蒋同意了。当天，毛人凤接到小蒋要来昆明的通知，前往机场迎接。小蒋一下飞机，便对毛人凤说，老头子也觉得卢汉这个人靠不住，但目前正是用人之际，只可争取，不宜刺激，要想尽办法把他稳住，不到万不得已，不要“制裁”。小蒋说了父亲的苦衷，毛人凤好生感慨，马上表示，体谅总裁的心情，一定尽力做好稳定工作。
接着，小蒋又间与毛人凤同来的沈醉，在昆明干掉卢汉有没有把握？沈醉说，于掉一个人，动作还要干净，需作充分的准备。像卢汉这样的角色，大权在握，平时又防范严密，要干，就得一次成功，这需要好的机会，周密的计划，勇敢的行动人员。
蒋经国微笑着点了点头，显然对沈醉的回答很满意，扭过头吩咐毛人凤：“沈站长要钱要人，都要尽量满足，不能打折扣。”接着，小蒋用很低的声音说了父亲要来昆明的事，并问毛人凤，卢汉会不会突然翻脸，扣下老蒋。毛人凤说，就目前的形势，卢汉还不敢轻举妄动。如果消息封锁得好，总裁来得突然，即便想翻脸，他也来不及准备。小蒋听了毛人凤的回答，心里稍定。便说，老头子来昆明的事，先不告诉卢汉，等飞机到了，再通知他去机场迎接。
一路话长，车子已在卢公馆门前停下。蒋经国的突然出现，着实让卢汉大吃一惊，连连责怪，为什么不通知一声，好去机场迎接。蒋经国执礼甚恭，谦虚地说，是父亲让我来看看卢主席，怎好意思添麻烦呢？当晚，蒋经国就在卢公馆内住下。卢汉问，总裁来不来？小蒋说，总裁另有要事，恐怕不来昆明了。
9月22日上午9时，毛人凤按照事先的约定，带着徐远举、沈醉等人去机场找空军第五军区副司令沈延世，布置老蒋来昆明的准备工作，电台调好接收频率，等候讯号的出现。此时，老蒋已如惊弓之鸟，每次外出，事先不露风声，几个大城市的机场全部作好准备，不断地呼叫联系，但谁也不知道他要降落在什么地方。这一次，沈延世也不例外，类似的紧急准备，他履行了好多次，却没有见到过总裁的影子。
大约在9时30分，毛人凤收到了约定的暗号，打电话告诉小蒋，小蒋放下电话，不动声色地对卢汉说：“‘卢主席，重庆刚来电报，总裁已经起飞，10点钟就到昆明。”“经国兄。”卢汉大异，结结巴巴地说：“你……你不是说，总裁……
总裁不来了吗？”小蒋平和地笑着。“嗯，也许是临时决定的吧。”“那么，让我打电话派兵到机场警戒。”卢汉突然表现出一副焦急的样子，忙不迭地说。
“用不着了，最安全的办法就是除你我之外，再没有别人知道这个消息。”蒋经国说完，做了一个表示“请”的动作，便和卢汉一起下楼，坐上汽车奔了机场。
机场上，毛人风、徐远举、沈醉成品字形站在水泥地上，周围有不少左手拿报纸的便衣特工，一看就知道训练有素，随时可以腾出右手操家伙。卢汉恍然大悟，终于明白了小蒋来昆明的意图。
显然，老蒋已对自己产生了不信任感，那么这次……想到这里，卢汉心内忐忑，隐隐地不安起来。
10点钟，老蒋的专机准时降落，一下飞机，老蒋劈头就问：“卢主席，你有没有预备午餐？”“还……还没有预备好。”卢汉有点紧张，舌头不如平常利索。
“好，好！我们一同到你家去吃午饭吧！”老蒋谈笑风生，一下子平息了卢汉的紧张心情。接着，先前还稍嫌板结的脸面松弛下来，堆着满脸的笑意。卢汉半是开道，半是引路地走着，既像警卫，又似宾从。
为了避免引起市民的注意，入城时，车队分成两路，一路由太和街抵达卢公馆，另一路往金碧路绕到卢公馆。一到目的地，老蒋的侍卫人员立即分散在花园和客厅的周围，毛人凤、徐远举、沈醉等保密局的特工，则在卢公馆周围布下警戒，片刻间，卢公馆便成了飞鸟都难以逾越的禁地。与外面的紧张相反，卢公馆内却是一片“和气”，老蒋先与卢汉密谈了一个小时，随后应酬了一顿午餐，接着又是密谈，直到蒋经国进来报告，说是机场方面通知，天气可能要发生变化，请总裁立即启程。蒋介石才立起身来朝窗外佯视，随后说：“好，我们走吧。”
逼“鸭子”上架
蒋介石走了，卢汉的态度并没有多大的变化，毛人凤答应过小蒋，再做争取工作，尽力稳住云南的局势，只好暂且搁下武力解决的考虑，另设一计。
说来也真够毒的，你卢汉不是假戏真做吗？那我索性就坡下驴，拖你个连滚带爬一身泥，今后洗也洗不干净。具体的做法是让卢汉担一笔人命债，双手涂满鲜血，到时候非跟老蒋走不成。杀害对象就是“整肃”中的被捕人员。
按照过去的做法，处死被捕人员，可以解送到重庆执行，也可以用军统习惯的手段秘密处决。但这次是要让卢汉杀名昭著，毛人凤决定以公开的方法枪毙人犯，尽可能地闹得轰轰烈烈。为此，他去找卢汉磋商，想就处死的人数对对口径。依毛人凤的意思，处决一半。卢汉以为杀一半太多。毛人凤从卢公馆回来，用嘲笑的口吻对沈醉说：“没想到这位爱杀人的朋友（指卢汉）居然会发起善来了。”于是，决定先杀100人。毛人风为了达到嫁祸卢汉的目的，不惜草菅人命，许多人犯根本没什么“罪证”，便被判处死刑。
有的甚至连正式的审问都没有经历过。至于卢汉下令逮捕的20多名参议员，几乎全部列入死刑者名单，毛人凤还指示徐钟奇，凡处死者，均以军法从事，没有上诉机会。不久，100多人的名单出来了，包括末尾的“拟予枪决”，每人的“罪状”只有几十个字。毛人凤以为法律手续“完备”了，卢汉只要在判决书上拟一个“可”字，昆明大屠杀就成为抹不去、擦不掉的历史事实！
大约在9月25日前后，毛人凤把一份100多人的死刑判决名册交到卢汉手里。卢汉看也不着，就说杀得太多，证据太不充分，还规劝毛人凤慎重一些。
毛人凤心里窝火，脸上却一片中肯，表示尊重卢汉的意见。但回到沈醉家后，接连几次对沈醉说：“卢汉这人大自以为是，杀百把人还故作刁难，这不明明是在耍缓兵之计吗？”然而，为了达到嫁祸的目的，毛人凤不能发作，靠水磨性子跟卢汉讨价还价，最后由100多人减少到80多人，再减到40多人，卢汉仍然拖着不签字。凭毛人凤的忍耐能力，本不怕卢汉打消磨战术。问题在于，这一边局势逼人，那一边（台湾）又催着他回去，说是老蒋的命令。
毛人凤心急如焚，刺杀卢汉的念头又转上脑际。其实，毛人风于9月12日抵昆明后，就布置了干掉卢汉的任务，由沈醉准备就绪。方案是——在卢汉住宅附近的翠湖支路8号租下一幢房子，楼上架一挺机枪，随时可以向卢汉的寝室、会客室、餐厅等处扫射。与此同时，把靠近卢家的河口督办王晓峰的住宅作为特务守伏的地点。卢汉的汽车出入拐弯，都要经过这里，特务们可以从容下手。对这个方案，毛人凤基本满意。只是担心云南站现有几个行动员不够用，特地从“外地”调来几个老手。然而，卢汉毕竟是总裁关注的人物，没有他的点头，毛人凤心里有一百个，一千个愿意，也行动不得。
眼看，在昆明逗留的时间将近一个月了，卢汉那里还在为死刑犯的名单“泡蘑菇“，毛人凤趁着空儿，约集李弥和余程万两位军长拉呱。他知道李、余二人对云南局势的关系重大，本着竭尽忠诚的精神，一定要为总裁安抚好他俩。
在毛人凤眼里，李弥是本地人，又有一个军的兵力在手，前不久，经历过淮海战役的“洗礼”（淮海战场上死里逃生），对老头子的“忠诚”是经受过考验的，因此，李是取代卢汉的最合适人选。有一次，毛曾向李透露过这个意思，使李大受鼓舞，对毛也就特别巴结。眼下，毛人凤要求李、余好好合作，为党国立功，李闻命唯唯，十分诚恳。
毛人凤强调李、余合作，是因为两人存有芥蒂，面和心不和。但是，余程万也知道毛人凤能在总裁那里说上话，一直存有巴结的愿望。所以，对毛人凤的话，也表示了诚心接受的意思。毛人凤心里明白，余的“忠诚”尚待考验，尤其是余新近娶了一位来历不明的姨太太，颇有疑问，于是暗暗布置余部的副军长彭佐熙配合保密局云南站，对其实行监控。不久，因台湾方面的反复催促，毛人凤不敢继续逗留下去了。回首一个月来的活动，不堪咀嚼。
后来，毛人凤自己说，这是他任保密局长以来，在一个地方停留得最长的一次，也是非常失望的一次。
10月13日，毛人凤怀着沮丧的心情告别昆明，临上飞机前，与沈醉进行了单独谈话，再三叮嘱说，卢汉不可靠，必要时就抢先下手，接着表情变得十分严肃，又说：“如果命令你进行制裁，你不能再拖着不办，如果再采取对杨杰的态度，就没有法子交代了，团体的纪律，你是非常清楚的。”沈醉一边点头，一边送毛人凤上飞机，顺便提到了自己的安全问题。毛人凤说：
“你不用过分担心，再有重大的变化，也送不了你的脑袋，看别处的例子，你就知道后果会是怎样了。”①沈醉对日后的退路问题还是不放心，希望毛局长指示得明确一些。毛人凤意味深长地说：“人总是有交情的，你在这里处得不坏，好好注意一下就行了。”沈醉说：“万一遇到……”毛人凤会意地打断了沈醉的话头说：“万一来不及走，也不能执行我交给你的任务（指杀卢汉），那你难道不能学一学王佐？”说到这儿，毛人凤笑了笑，抚着沈醉的手臂说：“可以不必断臂，留下来还大有用处呢！”
①毛人凤是指保密局北平站的例子，傅作义宣布和平解放之前，把站长王莆臣等放回南京。
“四大任务”
台湾方面催归的电报一份连着一份，是因为老蒋有几桩事急等着毛人凤来办：其一，谋求“复位视事”，需要对聚集在台湾的“党国元老”们施加压力，迫使他们及早表态，拥护蒋“复职”；其二，要迅速“肃清”台湾的中共地下组织，以保“后方无虞”；其三，老蒋准备再飞重庆，此前必须抓紧对关押在那里的共党分子和进步人士进行“清理”（即屠杀）；其四，抓紧布置和开展对已失落的、或行将失守的城市和地区进行破坏，包括对中共领导人的刺杀；其五，当面了解云南的现状和卢汉的思想动态。
10月13日下午，毛人凤飞抵广州，局势已紧张到绷裂的界点。中共先头部队直抵距广州城三里的郊区，市内交通全部瘫痪，商店关闭，电讯中断。
昨天，李宗仁发布命令，声称“中央政府”定于15日起在陪都（重庆）办公，眼下，正忙于仓皇撤离，一副乱纷纷、失魂魄的“末日”景象，看得毛人凤心酸不已。出于责任的本能，他没有立即转乘开往台湾的飞机，而是把技术总队副总队长胡凌影找来，了解一下“大破坏”工作的进度。
胡凌影怒气冲冲地介绍完毕，不轻易发火的毛人凤也忍不住责骂广州卫戍总司令李及兰贪生怕死，误党误国。原来，10月12日那天，广州卫戍副总司令兼兵团司令刘安祺突然接到老蒋的指示，要他把部队全部撤到海南岛，再转渡台湾。显然，老蒋已存有放弃广州，保存实力的打算。为此，李及兰慌了手脚，赶紧逃命，先搭乘飞机跑到三灶岛，再坐船去了澳门，广州一下子成了没有“政府”，没有军事首领的“死城”，这对保密局特工开展“大破坏”工作带来了严重的困难，因为离开军队的保护与配合，很多工厂与重要设施已无法进入（广州工人在中共地下党的领导下普遍开展了护厂运动）。
骂完李及兰，毛人风问胡凌影准备怎么干？胡说，海珠铁桥可以进去，已让手下把第4补给区所贮存的炸药、废弹都运到了那里。毛人凤说，这很好，但炸桥的时间一定要掌握准确，早了不行，等于自断后路；晚了更不行，人要一过来，桥就炸不成了。胡凌影连说“知道”。随后，毛拍了拍胡的肩膀说：“我们不能学李及兰，要坚持得住，能多搞几个爆破点就多搞几个”。
布置完毕，毛人凤乘车前往机场。此时，天色已暗，头顶上有了眨眼的星星。
毛人凤抵达台湾，来不及休息，就被老蒋叫了去。老蒋站在一幅五万分之一的大地图面前，脸色阴沉地指着上面的各种标记说“共产党进军神速，形势不容乐观，唵，这次催你回来，不是说云南那边不要紧。唵，你看”。
老蒋简单扼要的叙述，听得毛人风头皮发紧。想不到昆明逗留一月，大西南计划的如意算盘已开始走样——由于老蒋的反对，胡宗南、宋希濂不敢把主力撤往云南、西康，从而痛失“良”机。中共方面立即采用了大包围的方式：
杨勇兵团由湘入黔，直插川南，截断了胡、宋的退路；同时，周士第兵团、陈锡联部分别向川东、川西挺进，给予正面和侧面的压迫。10月份，杨勇兵团攻克贵阳，直逼彭水，宋希濂退守乌江西岸，主力撤至西昌和滇缅的可能性几乎不复存在。于是一场本来以四川为核心的西南保卫战，变成了一场以四川为核心的西南突围战。
“看来，唵，很多事情要早做准备。”接下来，蒋介石把召回毛人凤的原因和盘托出，最后，破天荒他说：“拜托了。”话音不重，足以使毛人凤感动得语塞。
第二天，广州、厦门失陷，“毛记”保密局本部同时也向各外勤单位发出了加紧执行“应变计划”的指令（这是蒋介石要毛人凤必须办妥之要事的一部分）。毛人凤的应变计划原来是指特工组织的四大任务，即大转移、大逮捕、大潜伏和大破坏。由于情况发生了新的变化，四大任务的侧重点有所改变，具体为，大逮捕演变为大屠杀，大破坏成为首要的任务。这里先说说大屠杀。
杨虎城之死
其实，秘密性的大屠杀，早在9月间已经开始，规模不大而已，首当其冲的便是闻名于“西安事变”的杨虎城将军。
8月下旬，毛人凤在枣子岚垭“漱庐”召集徐远举、周养浩等，传达了蒋介石关于屠杀革命志士以及处决杨虎城及其家属、随从的命令。他说，8月25日老蒋来到重庆，当晚自己向蒋请示，杨虎城怎么办？是否解往台湾？
蒋毫不犹豫地回复：“留了他做什么，早就该杀了！”但又叮嘱毛人凤，应当把杨解回重庆，秘密进行，不能让外人知道。在此同时，毛人凤还指出：
关在白公馆与渣滓洞内的“人犯”怎么处理？蒋介石说：“我们过去那样有势力的时候，这些人都不肯投降，今天我们到处打败仗，他们还会转变过来吗？干脆一起杀掉！”传达完老蒋的指示，毛人凤开始布置秘密处决杨虎城的工作，他当场要求周养浩负责，第一步把杨虎城一家及其随从于贵阳解回重庆；接下来，再从看守白公馆的特务中挑选有经验的行动员。至于动手的方式，毛人凤问周养浩：“除用枪以外，还有什么办法”？周当时说不出所以然，回到家里，通知白公馆看守所长陆景清约三个行动员来家里碰头。三人中有个叫杨进兴的表示：除用枪外，还可以用刀。另外两人不以为然，觉得用刀把握不大。
杨进兴为了证明自己的办法，特地把西南特区行动组副组长熊祥找来。熊信誓旦旦地对周养浩说：“用刀没问题，我与杨进兴可以负全责”。
当天下午，周养浩向毛人凤汇报了与杨进兴、熊祥商量的结果，毛人凤觉得用刀比用枪好，符合秘密进行的要求。随后问周养浩解杨返渝的日期，周说了，毛补充道：“从贵阳回来时，你必须早一天电告，时间最好是晚上到重庆，我派人过江来接你。这件事可以告诉张鹄，①让他挑选五六个可靠的队员护送”。
①张鹄原是白公馆看守所所长，杨虎城解往贵阳时，坚决要求撤换原先虐待他的龚国彦，周养浩便调张鹄去接替。
9月1日，周养浩偕同西南特区第三科副科长郑文松乘一辆吉普车，附带两辆卡车，由重庆赴贵阳，见了杨虎城后，假作高兴地哄骗杨说：“蒋介石已到了重庆，要见你”。杨虎城听后表情平淡，显得十分镇静，从容不迫地整理起行装。
9月2日中午，毛人凤命徐远举带熊祥等六人到中美所开会，抵达中美所大礼堂时，毛人凤、杨进兴以及白公馆的另两名看守已等在了那里。接下来，会议开始，主要讨论杀杨的具体部署。毛人凤首先谈了要求：事情要干得干净，越隐秘越好，因此尽量不用枪，免得弄出声音。熊祥当即表示：自己和杨进兴商量过用刀的办法，另外还准备了斧头，说着便拿出凶器给大家看。
毛人凤一边看一边问：“这行吗？”熊拍着胸脯说：“有把握。”至于杀人的地点，毛人凤决定放在中美所东边小歌乐山的半山坡上，四周松林环绕，非常幽静。戴笠死后，特务们把它改名为戴公祠，用以祭祀戴笠。毛人凤之所以选择这里，是看中了它的偏僻。另外，附近还修有防空洞，杀完人，尸体朝里一扔，便于毁尸匿迹。当然，这些都是说得出口的理由，是否还有说不出口的呢？譬如血祭戴笠，告慰亡灵等等，①那就只能意会了。接着，讨论到动手的方式。毛人凤说：“汽车一到，即行动手，要快，要麻利。”熊祥表示：可由两个人扶架杨虎城上山，进入房内，一刀插入胸膛，即可毙命。