阎锡山要解决的第一个大问题，就是整顿军队。一是如何将中原大战后进入和驻扎在山西的10多万“客军”请出去。二是裁减晋绥军，推行他筹划已久的“绥西屯垦”计划。“客军”分布在晋中、晋南和晋东南等地，所需一切，都向所驻地勒索摊派，给百姓带来极大的负担。同时，这些军队普遍军纪不严，欺压百姓，奸淫掳掠无所不为。更重要的是，他们的存在，时时给阎的独立王国形成威胁。但这些“友军”，有过共同反蒋的交情，也是阎自己请来的，难以采取逼迫手段。阎认真动了一番脑筋，决定还是利用他们在山西得不到实权，急于另谋出路的心理，采取分别对待，劝导离境的策略。经过多方活动，游说孔祥熙，“都是山西人，应该关心山西地方。”由孔祥熙出面通融，将西北军宋哲元部调往平津，其余部队也陆续开走。冯玉祥部的手枪团曾留下三百余人不肯离晋，阎锡山就派兵包围缴械，对昔日战场上的盟友，毫不手软。到1933年，驻在山西的“客军”陆续离开，算是恢复了阎的一统天下。
至于裁减晋绥军，他的目的有三：一是山西经济遭受严重破坏，军费开支浩大，难以支撑。二是为了向蒋介石表示从此埋头建设、不再打仗。三是想要根除军队中军官吃空饷的弊病。对晋绥军裁撤下来的官兵，阎锡山以“造产救国”、“富兵于农”、“屯垦实边”、“开发西北”等口号为旗帜，组织起来实行了“绥西屯垦”计划。绥西，即黄河河套平原一带。万里黄河，唯富一套，这里地势平坦，土地肥沃，又有黄河水灌溉之便，自古就有“塞上江南”的美称。最早提出在绥西开垦土地的是傅作义。在他任绥远省主席期间，已经组织了若干支屯垦队开进河套，并也取得了可观的成果。阎锡山借鉴他的做法，更大规模地实施屯垦计划。先后建立了四个垦区，所种土地达到1200多顷。应当说，这项计划取得了很大成功。农垦收入对发展山西经济做出了不小的贡献。但后来就渐渐起了变化。阎锡山为了攫取更大的经济利益，同意和指使负责屯垦的王靖国在垦区大量种植鸦片。这些鸦片，经过“山西禁烟考核处”的加工，制成所谓“官烟药饼”，又称“戒烟药饼”，并通过各县的“禁烟委员”进行推销，获得暴利。公然以官方的名义，打着禁烟的旗号，大肆贩卖毒品，这也算是军阀统治下的中国一大奇观。阎锡山为利益驱使，什么事情都干得出来。 经历了中原大战失败的折腾，山西的经济状况落入低谷，省财政陷入困境。如1931年，省财政的总收入不到1100万，而开支总额却达到4100多万，造成3000多万的赤字，加剧了经济的恶化。
面临这样的烂摊子，阎锡山从整顿金融入手，在省银行之外，又成立垦业、铁路、盐业三家银行，增加货币发行。因为省银行在中原大战期间滥发货币，信用丧失殆尽，阎锡山用这样的方法，分散发行减少风险，同时对百姓宣传说，垦业银行有绥西屯垦收益作担保，铁路银行有铁路作担保，盐业银行有盐产作担保，以取得信用。为推行他的物产证券学说，银行发行货币，废除从前的现金准备办法，改为实物准备。四银行之上，又设立“山西省省铁垦盐四银行号实物十足准备库”。由实物准备库出面，用四银行发行的货币收买物资。收多少物，发多少券，使物与券永远处于平衡状态。在理论上，阎锡山将他的物产证券学说吹得天花乱坠，并将其作为治疗社会弊病的良方。在实际操作中，人们看到的却是另一番景象。所谓的“实物十足准备库”并不是先有物资准备再让银行发行等量等值的券，而是在两手空空的情况下，先发行了纸币，再用以收购物资。这就等于是凭空出券，以券聚物。券出得多少，并不以物的准备为基础，而是以阎锡山的需要为转移。阎锡山曾得意洋洋地说，这就是“口吹大洋”之法。善于谋算的投机商出身的阎锡山，确实在这方面有他独到的才能。他常常挂在嘴边的口头语是：“锄尖子底下有水，算盘珠子底下有钱。”北方多旱，农民在暑天里将田禾多锄几遍，为的是截断土壤中的微细水道，以减少水份的蒸发，减少蒸发就等于增加了水份，即所谓“锄尖子底下有水”。这是几乎人人可做的事。而算盘珠子底下有钱，却并非什么人都可办到。像这样的“妙法”，同时代或不同时代的其它军阀，能想得出来吗？阎锡山在大连住了十来个月时间，花费达300万之多。但他却并没有赔钱，反而大赚了一笔。去大连时，他从省政府提走一笔现款，一到大连，凭着商人灵敏的感觉，他就以低价买进一批“老头票”（日元）。在他离开大连之时，外币汇率波动，老头票忽然大涨，阎将老头票卖出去，居然连本带利翻了一番。阎锡山对捞钱情有独钟，算计精明而财欲甚旺，有时也闹出笑话。早在他雄踞平津期间，其北平行营主任梁巨川密报：据清室一太监说，北平西四牌楼羊肉胡同七号是满清某王府的宅第，地下埋着大量金银。阎得知后，立即决定不惜代价将此住宅买到手，并派一排卫兵严加守护。不久后，开始动手挖掘。挖了一个多月时间，七号宅的地下全部挖遍，却一无所获。报告给阎锡山后，阎并不死心，又决定将旁边的六号、八号买下，继续挖掘寻宝。结果，挖了半年之久，始终未见一钱金银。此事成为一大笑谈。连负责买房、挖宝的山西省银行经理都感叹说：这事做得太可笑，银子没挖到，反倒花了十来万。
在埋头经营，谋取发展的同时，阎锡山也明白，不注意改善与蒋介石的关系，还等于在行进的路上设置障碍。因此，他处处对蒋表现出俯首听命的姿态，并利用一切机会讨好巴结。1934年11月，蒋介石到北平。此时的阎锡山成为日本人和西南势力争取的重要人物。蒋介石对此十分清楚。他认为阎锡山是稳定华北和西南，解除他入川指挥作战后顾之忧的重要人物。正是由于这些因素，蒋介石才屈尊亲自来太原与阎锡山会晤，做一些拉拢工作，以改善两人的关系。阎锡山得知消息后，虽然对蒋的用心洞若观火，但也不肯放过这个在蒋面前表现忠诚的机会，立即安排热烈、隆重的迎接。一时间，太原全城大动员，清扫街道，悬挂旗帜，张贴标语，组织夹道欢迎的队伍，洋溢出一派热烈气氛。蒋介石在宋美龄等的陪同下，到达太原，目睹如此隆重热烈的场面，不由得心中高兴。为表示进一步的亲近，还执意要到河边村拜望阎父。阎锡山受宠若惊，推辞不及，只好又在河边村举行一场盛大的欢迎仪式。村边的汽车站特意搭建了一座彩棚，棚内放置精致的桌椅、茶具。从彩棚到阎府，卫队三步一岗，五步一哨。村中特意组织起的百姓、学生，人人手执写有欢迎标语的小彩旗，两旁列队，呼喊口号。虽在乡下，其热烈程度并不亚于省城。蒋介石在鼓乐声中向群众频频挥手，此时，他感受到的是一个可靠部属表现出的忠诚和崇敬。蒋介石在阎府向阎书堂深深鞠了三个躬，吓得阎书堂连声说“不敢当，不敢当”。在来住河边的路上，蒋介石与阎锡山进行了长时间的交谈。据阎锡山在日记中记载，俩人主要谈了两个问题：一是国事如何处理，以济危难，二是山西建设经验如何推行到全国。阎锡山的日记中写道：“谈意：后者简单，定方略，索计划，严督促，实考核，当赏罚，事即举矣。前者，内忧外患，时不我许，无未雨绸缪，难常法以善后。余力主以非常法度非常事，抛弃武力，发展民力，减东邻忌，免日俄前后摧残。介公问非常法。余答，废金银制改行物产证券制，废劳资合分制，改行按劳分配制。介公遂约定派专员来详讨。”当然，这是阎锡山自己的说法，不能排除有着力美化的成份。不过从中也可以看出，阎锡山大谈物产证券、按劳分配那一套，除了在蒋的面前炫耀自己之外，也还是不忘用埋头建设的面纱遮挡自己行将崛起的雄心壮志。而从另一个角度来说，面对日本侵略者咄咄逼人的态势，他企图采取“减东邻忌”的办法予以回避，也暴露出在他的内心深处，并没有坚决抗日的准备。
阎锡山搞了“十年建设计划”，在发展山西经济，不断增强实力的道路上，取得了相当的成功。按照阎的想法，实力雄厚了，就有了与蒋介石争天下的资本。对蒋介石的表面忠诚并没有也不可能削弱取而代之的欲望，他念念不忘的还是扩大地盘，发展势力，攫取全国政权。
然而，历史已经不再给他这样的机会。因为在中国的大地上，能够左右大势的，除了原先那些大大小小的军阀之外，又增加了两股更强的势力：一是日本侵略者。他们的目标是要灭亡中国，气势汹汹地对任何不肯臣服的力量挥舞屠刀，不可一世，而在得到东北之后，首当其冲的便是华北，日军进攻，山西难逃一劫；二是中国共产党领导下的红军。经过万里长征，红军到达陕北并高举抗日旗帜，受到广大民众的衷心拥护和支持，其力量迅猛发展。在它的面前，任何势力都相形见绌。而陕北的红军要开赴前线，建立与日军对峙的根据地，进军路上，首当其冲的也是山西；面对这两股强大力量的压力，阎锡山还需要时时小心和防备背后暗算他的蒋介石。虽然在他表示臣服之后，蒋介石曾以谅解和亲近的姿态，以共商国事的名义，偕夫人乘专机到过太原，还专门跑到河边村看望了病中的老太爷，但分布在陕西、河北一带的蒋的嫡系部队，随时可以向山西进军。
这样，历史把阎锡山推进了三股势力的夹缝，使他陷进一个微妙的困境之中。以他自己的力量，单独对付哪一股都不可能取胜，在三股力量面前，他是弱者；但是，这三股力量又都是水火不相容的敌对力量，哪两股都不可能联合起来共同对付他，使得他有空隙可钻，有机会可用，有回旋余地。
阎锡山采用了“在三颗鸡蛋上跳舞”的策略。
正如他自己所说，“在三颗鸡蛋上跳舞，踩破哪一颗都不行”。从保全自己的目标出发，运用“中的哲学”，他走出了一条独特的“联共拥蒋抗日”的路线。应当说，顺应历史潮流，化解各方压力，努力保全自己，这是显现了他的政治智慧的选择。
联共抗日 山西烽火震全国
1935年10月，中央红军长征到达陕北。中共中央为了民族利益，声明停止内战，一致对外，要求阎锡山允许红军通过山西，开赴华北抗日前线。阎锡山认定这是红军趁机侵占山西的借口，因此坚决拒绝。次年初，中共决定组织中国人民抗日先锋队，渡过黄河，计划在山西建立抗日根据地，实现与日军直接作战的主张。东渡黄河的红军，受到晋绥军的阻击，首战即全歼阎军一个团，俘获一个炮兵连。阎锡山受到震动，亲自主持召开会议，将七个师14个旅的兵力集中编为4个纵队，与红军开战。经过一个多月的战斗，武器装备处于劣势的红军，由于得到了广大人民群众的拥护和支持，将晋绥军打得连连败退，将阎锡山的领地占领了几乎三分之一。无奈之下，阎锡山只好冒“引狼入室”的危险，请蒋介石派兵支援。蒋介石正好得着将刀子插入山西的机会，迅速抽调兵马，组织起10万大军，沿正太、同蒲路星夜兼程，插进山西腹心地区，并在山西成立陕甘晋绥四省“剿匪总指挥部”，任命其亲信陈诚为总指挥。以剿共为名，趁机在山西立住脚跟，扩大势力，削弱阎锡山，为以后的彻底解决打下基础。前门防虎，而后门又进了狼，阎锡山不免陷入左右为难的境地。
这时，从抗日的大局出发，红军为避免内战以保存国力，不久后就主动回撤，返回陕北，并发出回师通电，表明：“此次行动，向全国人民表示诚意，愿在一个月内与所有一切进攻抗日红军的武装部队，实行停战议和，以达到共同抗日之目的。”而蒋介石却不肯罢休，命阎锡山组织十几个团的兵力，由受蒋介石重视和收买的将领李生达为总指挥，派汤恩伯作监护，入陕追击红军。这明显是将晋绥军推向与红军作战的前线，借“剿共”之机将其削弱以致消灭的阴谋。阎锡山还没有从红军的打击中回过神来，立即就感受到了蒋介石杀气腾腾的锋芒。他当然不能让蒋的算盘如意拨动，于是，一面摆出服从命令的姿态，派李生达前往离石前线，一面就收买了李的卫士，在即将渡河的当日凌晨把李生达刺杀在军中。阎锡山扮出悲痛万分的模样厚葬李生达，同时就以大将遇刺，军心不稳为名，向蒋介石请求延期入陕。
在这次事件中不明不白被刺身亡的李生达，是晋绥军一名能征善战的高级将领。1926年奉军攻入山西时，李以团长驻守大同，率部英勇作战，坚强反击，使奉军不能南进。半年之间，由团长而旅长而师长，连升三级，在晋绥军中显赫一时。由此引起蒋介石的注意，1934年夏被调到庐山参加军官训练团，在学习期间，蒋亲自接见，临走时还送给他10万元，声称让他用以“照顾和改善生活”。1934年，蒋介石调晋绥军去江西“剿共”，李生达请缨前往，在南昌，李受到蒋的多方关照和重视。从江西返回后，李生达的部队按中央军的规范，一提到“蒋委员长”或“蒋总裁”，全体官兵则立正敬礼；而提到阎锡山却毫无表示，这使阎锡山极为不满。到1935年11月，国民党召开第五次全国代表大会时，山西的将领代表中又只有李生达被选为中央委员。李生达一步步受到蒋介石的宠爱，也就一步步被阎锡山所嫉恨。阎锡山生平最忌的就是部下不经过他的推荐直接与“中央”发生关系。他与蒋之间存在着相互猜忌、勾心斗角，不时发展到你死我活的矛盾，怎么能允许部下背着自己同蒋拉拉扯扯呢？因而早已将李生达划入另册。李生达不明不白地成为蒋、阎尖锐矛盾的牺牲品。阎锡山也从此事得到教训，看出蒋介石在寻找一切机会将势力开进山西，他忧心忡忡地对部下说：“蒙不亡于共，亦要亡于蒋。”因此，他不得不面对日本的侵略，同时又在红军的进攻和蒋介石的阴谋之间进行比较，寻求对自己更有利的出路。自己无力消灭这三方中的任何一方，更不能同时对付这三个强大的敌人。审时度势，他不能不看到，在民族危机空前严重的形势下，如果完全站到日本人一边，等于是在国人面前自寻绝路，会遭到千百万人的唾弃。 要守住山西这块根据地，只能在共产党、蒋介石和日本人这三者之间周旋。这是形势提供的唯一出路，又是他善于运作的左右逢源策略的极好用武之地。
这期间，阎锡山在太原两次会晤“陕北剿共副总司令”张学良，张学良的经历和感慨，对他也有不小的刺激。张学良听从蒋介石消极抵抗的命令，将东北三省拱手让给日军，就遭到了全国人民的指斥；之后又服从蒋介石的安排，丢掉了华北到陕西前线“剿共”。与红军作战的过程中，东北军屡屡败阵。受亡国之痛煎熬的东北军将士，渐渐对共产党的“停止内战，一致对外”，建立抗日联合战线的主张产生了共鸣。张学良在东北军将士的推动下，也接受了共产党的主张，私下里与红军达成西北抗日联盟的协议。为了争取支持，张学良找到了阎锡山头上。阎表示可以试试，并答应在劝蒋抗日的问题上可同张配合行事。与此同时，中国共产党中央也给阎锡山发来了表示愿意与其联合抗日的信函。毛泽东托晋绥军被俘的一名团长带给阎锡山等人一封信，信中说：“敝军西渡，表示停止内战，促使贵部及蒋氏觉悟，达到共同抗日之目的。……救国大计，非一手一足之烈所能济事。敝军抗日被阻，然此志如昨，千回百折，非达目的不止，亦料先生等终有觉悟的一日。”信中并表示，对东征时俘虏的晋绥军官兵，红军是“一律优待，同属国人，胜之不武，敝方绝无骄矜之心。”（《毛泽东书信选集》第34页）共产党表现的以国为重，不念旧恶，同仇敌忾，诚恳相待的气度，不能不对阎锡山们有很大触动。
在这样的情况下，阎锡山表示出了愿与中国共产党谈判的意向，并约请中共派代表去太原。对于中共提出的国共重新合作组成抗日民族统一战线的主张，阎锡山也表示赞同，认为“中国今日第一个问题就是何以图存的问题”。说白了，当然首先是他在山西图存的问题。多方权衡，阎锡山决定联共抗日。因为联合共产党，不仅可以在民族矛盾尖锐，抗日激情高昂的形势下提高他自己的威信，增强晋绥的力量，还能利用共产党的力量，阻止日军进入山西，并对蒋介石插在山西的中央军形成威胁，减轻自己的压力。走一步棋而全局皆活，阎锡山认为这是上上策。
这时，侵华日军和蒙奸对绥远的进犯，也使阎锡山看到亡国、亡省的危险就在眼前。1936年10月，日军指使蒙奸德王等人侵犯绥远。日本人说：九一八事变时，东北军一打就跑。绥远军更是不中用，可能一吓唬就跑，很容易就能把绥远拿下，你们就做好接收的准备吧。伪蒙军迅速占领了大庙子和绥北战略要地百灵庙。绥远省主席兼35军军长傅作义面对日伪的嚣张气焰，毫不畏惧，决心反击。他亲赴前线视察，提出“誓保国土，以尽责任”、“决心牺牲，以雪国耻”等鼓舞士气的口号，表示自己决不退缩的决心。阎锡山也指示要“抱着弱国的态度，守土抗战，踢破经常范围，加紧自强的方针”，同意进行抵抗，但不要主动出击，以免激怒日军，将战火烧到山西。但蒋介石却仍在强调“攘外必先安内”的政策，要求：对日本的侵略，以所谓不卑不亢的态度相机应付；对德王须以忍让为重，必要时给点地方也可以。阎锡山对蒋继续对日本采取让步政策表示不满，他在太原发表讲话说：“至国事前途，中央仍抱有限度的委曲求全之救国宗旨，努力折冲。”指责蒋介石用淡漠的态度对待抗日，还没有将抗日当作大事。11月上旬，伪蒙军大举进犯，晋绥军严阵以待，坚决反击，双方展开激战。傅作义将军巧用援兵，将来犯的伪匪军5000余人一举歼灭。晋绥军的胜利居然把蒋介石吓了一跳，11月17日，蒋介石亲赴太原，要阎锡山、傅作义迅速停火，“以免共匪借题发挥，影响中央誓死剿共政策”。阎锡山对蒋的做法大为不满，坚定地表示：“本人对绥事感想，认为纯是责任问题，守土是军人的责任，晋省军民人等，对剿匪御侮极具决心”。同时，立即命令晋绥军独立第七旅开赴绥远增援。为表示自己对绥远抗战的支持，阎锡山将其父所遗的87万巨款，以母亲的名义捐给前线。他的这一番举动，对部下高官及普通百姓都产生了巨大的影响，进一步激发了民众的抗日热情和决心。许多高级干部纷纷捐款，太原的学校、商界，也都积极募捐，支援前线。影响扩展到全国，全国各地都掀起了大规模的援绥运动。国民政府派当时的行政院长汪精卫率团前往绥远慰问，各大中城市的各界人士，海外侨胞，纷纷参加“以一日所得援绥”、“万件皮衣”等募捐活动，各地的慰问团、医疗队，源源不断开赴绥远。
当时慰问绥远伤员的，有各界人士，其中有大批共产党员。上海电影演员陈波儿率一个抗日慰问团前来慰问，却引起了阎锡山集团内部分上层人士的反对，他们说陈波儿是共产党员，不应该接受这样的慰问。阎锡山听后大不以为然，在一次干部会上批评这种排斥共产党员的论调时说：“天下第一等的好事不做，第一等的好人就离开你。第二等的好事不做，第二等的好人也会离开你。第三等的好事也不做，第三等的好人也离开你。现在抗日就是第一等的好事。人家一讲抗日，就说是共产党，这样就把第一等的好人推到共产党方面去了。有人到绥东慰问一下伤员，你就当人家是共产党，也会使这些离开你，这是把长四条腿的动物都当成老虎了。”表现出他很想拉拢、争取有影响的人物为己所用，并高高树起自己的抗日形象来。
正是出于这种心情，为了表示对抗日的积极态度，为了拉拢和团结抗日群众，阎锡山筹划建立一个群众性的抗战团体，用以发动和组织民众，并将此事责成梁化之负责。梁化之经过精心推敲，认为“抗日救国”是共产党的口号，这样提，对日本人刺激太大；而阎锡山主张“守土抗战”、“牺牲救国”，因此将这一团体的名称定为“牺牲救国同盟会”。同盟会提出了“不分党派、不分男女、不分职业，只要不愿做亡国奴的人们，一齐动员起来，积极参加一切救亡运动”等八条纲领。消息传开后，阎阵营内的不少高干表示怀疑和反对。面对这些意见，阎锡山坚持“冬天穿皮袄，夏天穿汗衫，需要什么就来什么。现在是需要牺牲救国的时候了。”一方面说明他看清了当时的形势，抗战的路是非走不可；但另一方面，也显现出他的思想深处，还是实用主义当家。经过一段时间的筹备，1936年9月18日，“九一八”国耻五周年的纪念日，山西牺牲救国同盟会正式宣告成立。阎锡山亲任会长，由他的表侄梁化之任总干事。牺盟会的成立，是阎锡山由反共转向联共，接受中共提出的建立抗日民族统一战线的标志。此后，对山西境内的共产党人的追捕和迫害暂时停止了，共产党员能够公开从事抗战救亡的宣传鼓动工作。他看出了共产党主张抗日救国，在民众中影响很大，就想利用共产党来动员和组织民众，于是以“晋人治晋，共策保晋大业”为旗号，从北平请回了山西籍的共产党人薄一波，主持牺盟会的日常工作。中共中央北方局也先后派杨献珍等人参加牺盟会，并组成由薄一波任书记的山西省公开工作委员会，以主要精力做阎锡山集团上层人物的统战工作，开展全省范围内的抗日救亡运动。随着工作的开展，共产党人逐渐在各部门担任了重要职务，不久之后，山西牺盟会就变成了披着阎锡山的合法外衣，在中共领导下的一个抗日群众组织。山西境内的抗日救亡活动得以轰轰烈烈开展起来。
在中共抗战决心的影响下，在民众抗战热情的推动下，阎锡山此时确实对抗战有了比较明确的态度。1936年10月31日是蒋介石的50岁寿辰，阎锡山与张学良联合起来，利用祝寿之机，向蒋介石进谏，要求蒋介石停止内战，联共抗日。他们面见蒋介石，陈述了自己的主张。蒋介石仍旧坚持其“攘外必先安内”的政策，并说共产党已成强弩之末，只要大家努力，短期内不难彻底消灭，永绝后患。蒋介石对二人还大声训斥,阎、张讨了个无趣，只好沮丧地退出。这一次进言遭斥，成为张学良采取更激烈行动的前奏；而阎锡山也并无后退，其表现是采取了更宽松的政策，使牺盟会的抗战宣传、组织活动得以更蓬勃地开展起来。
牺盟会先后开办军政训练班、民训干部团、村政协助员训练班、牺盟特派员训练班、国民兵军士训练班团、国民兵军官教导团等，对积极要求抗日的各方面人士进行大规模培训活动，不到一年时间里，培训了近万名骨干，为山西坚持抗战奠定了坚实的干部和人才基础。牺盟会利用公开合法的身份，广泛发动青年学生和工农群众，甚至连阎锡山的太原兵工厂的工人都动员了起来，其中有不少人参加了抗日武装，成为坚强的抗日战士。牺盟会还大量编印宣传抗日的期刊、书籍、传单，嘹亮的《义勇军进行曲》等革命歌曲响彻太原上空。牺盟会的卓有成效的活动，在全国产生了极大影响。一时间，山西成为全国抗日的前哨，全国各地的进步青年和各界人士，都纷纷涌来山西参加抗日活动，接受培训教育。国民党爱国将领，曾因痛恨蒋介石不抵抗而在南京中山陵剖腹自杀过的续范亭将军，此时对阎锡山治下的山西，作过热情洋溢的评价：“山西以一隅之地，进行了守土抗战，收罗了进步青年，成立牺牲救国同盟会，表现了思想自由，允许开设《生活书店》。我看见山西有了光明，虽然仅仅点出了一支土蜡烛来，光明不大，但我却和许多爱国青年一样，象扑灯蛾似的，围着这一点儿光明，不肯他去了。”
正是在这种浓烈的抗战气氛的鼓舞和激励下，晋绥军的“绥远抗战”取得了大胜，对全国抗战起到了推动作用。
有全国人民的支援，有阎锡山的支持，还有共产党人的支持和激励。中共先后两次派代表团持毛泽东的亲笔信到绥远慰问，表示坚决做其后盾，鼓励傅作义勇敢抗战。傅作义决定奇袭百灵庙，给日伪军以更沉重的打击。在傅作义的指挥下，经过三天激战，11月24日，百灵庙战役胜利的消息传来，在全国引起一片欢呼。此役共消灭和俘虏日伪军2000余名，缴获各种炮13门，机枪20余挺，面粉2万袋等大批物资。这是中国军队首次在对日伪作战中取得的大胜。北平的〈大公报〉宣称：“百灵庙大捷是整个国家的一次凯旋。”绥远抗战的烽火，燃起了全国民众的抗日热浪；绥远抗战的炮声，也进一步激醒了在陕西“剿共”的东北军、西北军将士。一直背着不抵抗罪名的张学良受到极大的刺激，爱国热情化作不顾自身安危的决心，他于11月27日向蒋介石递交〈援绥请缨抗敌书〉，要求派东北军北上援绥抗日。但蒋介石仍顽固坚持必须集中全力消灭共产党，厉声指斥，拒绝他的要求。12月8日，张学良与杨虎成决定进行兵谏，迫蒋抗日。12月12日，他们发动了震惊中外的“西安事变”。张、杨在通电中申明兵谏的理由时称：“绥东战起，群情鼎沸，士气激昂。于此时机，我中枢领袖应如何激励军民，发动全国整个抗战……”。可以看出，是绥远抗战的胜利，激发了东北军、西北军的抗日热情；而蒋介石对绥远抗战的消极和压制，也成为激起事变的直接原因。一定意义上可以说，没有山西军民的绥远抗战，西安事变可能会延迟，可能不那么激烈，而抗日民族统一战线的形成和发展也可能会遭到更多的曲折。
西安事变发生后，张学良、杨虎城两将军向各地方实力派发出电报，希望他们能够通电响应，打破蒋介石坚持进行内战的局面，推动蒋介石走向抗战。张学良还专门派出代表飞赴太原，邀请阎锡山到西安共商救国大计。而这时，南京政府出现了主战与主和两派互不相让的局面，两派都希望取得地方实力派的支持。阎锡山在地方实力派中资格最老，实力最强，且山西又与陕西一河之隔，他的态度如何，就成为各方关注的目标。孔祥熙等人还提出一个方案：先把蒋介石移送至太原，再说其他。可见阎锡山在这一事件中所处的地位异常特殊。
得知西安事变的消息后，阎锡山是感到意外的，一时也拿不出主意。他连夜召开高级官员会议，反复商讨恰当的应对办法。此时，正值绥远抗战之际，阎锡山需要国民党中央政府给他以经济和军事上的支持。如果全国陷入混乱，不仅晋绥抗战的形势会立即逆转，而且很可能给他带来更大的危险。西安事变发生后，南京方面弓拔弩张，激烈的内战一触即发，如果大规模的内战爆发，只会给日本的侵略造成可乘之机。当时在国内，只有占据中央政府位置的蒋介石有能力来领导对日战争。考虑再三，阎锡山最后决定拥护南京政府，谴责张、杨，营救蒋介石。于是，阎锡山向张学良、杨虎城发出了有名的“五乎”电报：“来电均诵悉。环读再三，惊痛无以。弟有四个问题质诸兄等：第一，兄等将何以善其后乎？第二，兄等此举，增加抗战力量乎？减少抗战力量乎？第三，移内战为对外战争乎？抑移对外战争为内战乎？第四，兄等能保不演成国内之极端残杀乎？”阎锡山的这种表态，受到中共的重视和称赞。中共中央给阎锡山致信，说“陕变突起，事出非常。从电讯中知我公反对内战，有‘共维大局’之语，至理名言，曷胜钦佩”，又指出“目前宁军攻陕甚急，愿我公出以有力之调停手段”。当然，他的表态，也是给张、杨迎头泼下的一盆冷水，使他们对阎锡山大失所望。张学良回电驳斥了阎的责难，同时也还是希望山西能在这一事件中保持中立，不要动用军队将矛头指向东北军和西北军。因为事变发生，南京方面与西安方面中断联系，与两方都有联系的阎锡山的举止就具有举足轻重的影响。南京政府代行政院长孔祥熙在收到阎锡山的电报当天，就复电阎，“我公公忠体国，雄镇边陲，登高一呼，众流响应；尚祈主张正义，领导群伦，俾抒国难……汉卿于公夙致推仰，尚责以大义，动以私情，挽已倒之狂澜，拯救国家于万劫。”同时就赋予阎锡山以营救蒋介石的全权。张学良也特意派出代表到太原转告阎，说明蒋介石在西安绝对安全。
阎锡山感到这是抬高自己身价的好机会，立即将此消息报告南京，并授意太原各报刊登消息，大肆渲染“张、杨代表到并，蒋安全无恙，以安定全国人心”，突出阎锡山出面调停且受到张、杨重视的形象。阎锡山在与张、杨代表的会谈中，也就摆出了高高在上的架势，提出解决事变的所谓四大原则：爱护国家，爱护领袖，爱护副司令（指张学良），爱护东北军。并提出了一系列条件，作为山西派出代表赴西安的前提。阎锡山满以为，蒋介石需要他出面保护，张学良也需要他出面安抚，国民党内的各派系都需要通过他进行协调，这一次可以大出风头，捞到一大笔政治资本。但他的算盘落空了。此时，以周恩来为团长的中共代表团已经到达西安，经过中共代表团的耐心工作，张、杨已同意和平解决。张学良对阎锡山的表演异常窝火，决定把阎甩开。他对准备往太原接阎锡山代表的人说：“我决不让老阎做这一标买卖。”阎锡山还筹划着如何在周旋中获取利益的时候，却得到蒋介石已经返回南京的消息。开始，他将信将疑，在办公室内独自踱来踱去来回转圈儿；到确证这是事实后，他一屁股跌坐在沙发上，半晌说不出话来。
西安事变虽然没让阎锡山借机捞到资本，但这件事却推动了他与共产党联合抗日的步伐。到12月下旬，中共与晋绥在共同抗日的大原则上达成了共识，双方建立起了通信站，晋绥军解除了对陕甘宁边区的经济封锁，黄河两岸开始有了商业往来。中共利用牺盟会广泛开展的培训活动得到了支持，阎锡山本人也提出“宣传民众，组织民众，训练民众，武装民众”的口号，进行全民总动员。使山西全省进入抗战动员的准备阶段。1937年2月，双方又正式建立电台联系。七七事变后，7月15日，蒋介石宣布对日抗战，称：“地无分南北，人无分老幼，无论何人均有守土抗战之责任”，并承认了中共领导下的陕甘宁边区。不久后，阎锡山向中共代表正式表示：从今后可以用红军和中共中央代表的名义，在山西公开进行活动。之后，八路军驻太原办事处也正式成立，中国共产党和阎锡山的抗日统一战线建立起来了。
1937年七七事变后，蒋介石加强了军事部署，把全国分为五大战区，阎锡山被任命为第二战区司令长官，负责指挥山西、绥远和察哈尔的部队。由红军改编的第八路军，也归第二战区，朱德总司令兼第二战区副司令长官。山西为华北要塞，日本人也明白，“要完成军事上占领华北，非攻占山西不可”。山西势必成为日军在华作战的重点目标，阎锡山感受到了面临的巨大压力。他的一首诗，就表达了这种心境：
年来忍痛复吞酸，国难何容学挂冠。千言万语说不尽，多少心事留舌端。
面对国难当头，此时的阎锡山尽管有多少心事难以诉说，还是表现出了应有的爱国情操。他由“守土抗战”进而提出了“民族革命战争”的口号。他认为：“我们这次对日抗战，不是国与国的战争，也不是民族与民族的战争，而是民族革命的战争。民族革命战争是政治性的全面全民抗战。在此生死关头，惟有发动民族革命战争，举我全力作最后之一拼。”由此出发，他主张，非常时期采取非常政策。当务之急当然是扩充军队。趁此机会，共产党领导下的牺盟会提出了组织新军的建议，阎锡山表示同意。于是，1937年8日，牺盟会组建起了山西青年抗日决死总队。随后又以第二战区司令长官的名义发布命令，由共产党人薄一波全权负责，组建起了一、二、三、四共4个纵队。决死纵队作为新军，实行政治委员制度，政治委员拥有最高的政治和军事权力，有绝对的领导权。而政治委员多由共产党人担任，阎锡山只有一个条件，要求纵队的政治委员必须是山西籍人士。阎锡山能够容忍新军实行政治委员制，在当时，这也是他走出的一步大胆的棋。此事如果放在蒋介石那里，是绝对行不通的。这反映了阎锡山为了联共抗日，在政治上更为开明的一面；同时也表现出他对自己能够控制新军，能够用地域乡情笼络决死纵队的上层，有着盲目的自信。还有一点，就是显示出他对共产党善于发动和组织群众，并能迅速取得群众拥护支持的特点和能力，估计不足。因此，在逼人的大形势下，他在自己的算盘上，是将新军当作“他人出力，为我所用”的重要筹码的。这四个纵队的山西新军，都有国民政府军事委员会给予的正式番号，依次为国民革命军独立第一旅、第二旅、第三旅、第四旅和第207旅。
阎锡山还同意中共代表周恩来提出的“保卫山西，必须动员广大群众，开展抗日群众运动”的建议，决定在沦陷区成立战地总动员委员会，简称“战委会”。战委会成立后，在敌占区开展活动，配合军队作战。战委会组建起一支武装力量，包括8个支队，15000余人，成为在共产党领导下群众抗战的重要武装。
平津失陷后，华北日军兵分三路：一路沿平汉路南犯，进窥河南；一路沿津浦路南下，进犯山东；一路则沿平绥路西犯，进犯晋、察、绥，并把战略进攻的重点指向山西。山西地处黄土高原东部，太行、吕梁、恒山、中条四山环绕周围，地势险要，易守难攻，素有“华北之锁钥”之称，是华北天然堡垒。中国军队若能固守山西要地即可对侵入华北平原之敌侧背造成严重威胁。日军为确保对平津地区的占领，解除侧背之忧，图谋进一步南侵，也力求控制山西。在这两军必争之地，一场麈战势在必然。
8月下旬，日军在攻占南口和张家口之后，继续西进，山西东北部就完全暴露在日军的面前，日军乘势直逼山西，山西的形势一下子紧张起来。阎锡山预计日军必然进攻大同，就准备实施“大同会战”的计划。他亲临前线，把行营设在了雁门关下的太和岭口，声言要在此与日军决一死战，把侵入晋绥的日军歼灭于大同一带。对这个计划，蒋介石是赞赏的，阎要钱要枪，都给予大力支持。9月初，日军沿平绥路扑向雁北重镇天镇。晋绥军经过顽强抵抗，天镇失守。而日军占领天镇之后，并不向大同方向开进，却直向平型关一带逼来。如果日军攻占了平型关，就等于是从背后插进了山西。阎锡山的战略判断发生了错误，不得不忍痛放弃大同会战计划，将兵力重新部署到平型关南北，准备在平型关与日军会战。这时，八路军的高级干部周恩来、彭德怀、彭学枫等前去与阎会晤。周恩来根据当时的形势，反复向阎说明，目前虽然是敌强我弱，但我们只要动员全民，团结奋斗，就可以不断削弱敌人力量，增强我们的力量，坚持下去，一定能够打败日冠，鼓励他克服困难，坚持抗战。阎锡山看到共产党对抗战的确是一片赤诚，也从内心感到佩服。他特意约周恩来每天早晨一起办公，并通令军队学习八路军的做法。
在共产党的推动下，阎锡山抗战的情绪逐步高昂起来，他制定了平型关会战的计划：诱敌深入，然后发动攻击，并截断日军退路，称作“布袋阵”战法。但9月24日，敌人进攻平型关的战斗打响之后，受攻最烈的高桂滋部为保存实力，擅自放弃阵地，被日军占领有利据点，反而对晋绥军郭宗汾部形成包围之势。幸好配合作战的八路军115师主力已经设伏于平型关地带，于9月25日伏击了向平型关前进的日军板垣师团一部，歼灭敌军1000余人，使原先趾高气扬的日军顿时陷入一片混乱，才给郭宗汾部解了围。平型关大捷是抗日以来全国的第一个大胜仗，打破了“皇军”不可战胜的神话，增强了全国人民抗战的信心。在此形势下，阎锡山放弃了原先把敌人放进关内再打的方针，集中兵力进击平型关外，想要歼灭板垣师团。但已占领大同的日军，向南进攻，并又占领了繁峙县城，就对平型关战场形成了侧后的威胁。经过在高级将领会议上激烈的争论，阎锡山害怕五台山的退路被切断，最后决定全线后撤，将主力配置于太原以北一百公里的忻口一线，准备保卫太原。
忻口位于崞县和忻县之间，是云中山和五台山两山峡谷中的一个隘口，公路和同蒲铁路都从此通过，自古以来就是晋北通往太原途中的战略要地，日军进犯太原，这是必经之路。阎锡山早几年就在这里修筑了大量工事，将它作为关系太原安危的咽喉要道。由于八路军在五台山一带牵制着日军，使得晋绥军和随后赶到的中央军能如期完成了战斗部署。
日军如果攻下太原，就将沿山西南下跨黄河直指武汉。蒋介石此时也意识到在山西作战对全国形势的重大影响，于是急令卫立煌的第14集团军从石家庄迅速开赴山西，参加晋北战役。10月10日，忻口会战正式打响。日军主力是板垣师团，计5万余人；晋绥军和中央军的总兵力则有8个军16个师，近10万人。东西50里长的战线上，双方展开了大规模的攻防战。在忻口正面，争夺阵地的战斗异常激烈，守军用太原兵工厂供给的八万多发炮弹向敌人猛烈轰击，发挥了极大的威力。日军在飞机、坦克和猛烈炮火的掩护下，以整营整连的兵力反复向前沿阵地发起进攻。守军阵地则手榴弹齐发，各种枪支集中射击，直至冲出战壕进行白刃战，一次次将敌人击退。守军的英勇战斗，大大鼓舞了民众的抗敌热情，成百上千的老百姓自动支援前线，冒着炮火抬伤员，送给养，挖战壕，军民同仇敌忾，使敌军难以前进一步。激烈的战斗持续多日，中国军队寸土不让，阵地常常是得而复失，又失而复得，每一次剧烈的拉锯战，都有很大伤亡。上将军长郝梦龄在火线指挥，被敌炮弹击中阵亡。从他于忻口会战前一天写给爱妻的信中，我们感受到了爱国军人可歌可泣，视死如归的伟大气慨。信中说：“余自武汉出发之时，留有遗嘱与诸子女等。此次抗战乃民族国家生存之最后关头。抱定牺牲决心，不能成功即成仁，为争取最后胜利，使中华民族永存世界上，故成功不必在我，我先牺牲。我即牺牲后，只要国家存在，诸子女教育当然不成问题。别无所念……倘吾牺牲后，望汝好好孝顺吾老母及教育子女，对于兄弟姐妹等亦要照拂。故余牺牲亦有荣，为军人者为国家战亡，死可谓得其所矣！书与纫秋贤内助，拙夫龄字。双十节于忻口。” 毛泽东同志在延安追悼抗敌阵亡将土大会上称赞郝梦龄等是中国人民“崇高伟大的模范”，证明“中华民族决不是一群绵羊，而是富于民族自尊心与人类正义心的伟大民族”。
成千上万的战士，在肉搏战中，在敌人的猛烈炮火下壮烈牺牲。战争最激烈的时候，有一天从拂晓至黄昏，在正面约三里宽的名为南怀化的阵地争夺战中，敌我易手达13次之多，先后牺牲了十个团，自团长到炊事员，非亡即伤，无一幸免。这就意味着一小时牺牲一个团，鲜血染红了阵地，无数英雄男儿表现出了为国为民视死如归的气慨。在中国守军的顽强抗击面前，日军蒙受重创，一筹莫展。日军又从京津守备队调兵力增援，但在中国军队的顽强抗击下，也难以前进，虽三易其指挥官，也无法挽回危局，双方形成对峙之势。八路军则奉命在敌后展开游击战。袭击日军的交通运输线和后方目标。八路军129师成功袭击了日军在代县的阳明堡机场，烧毁敌机20余架，极大地鼓舞了前线战士的斗志，有力地配合了正面战场。八路军的游击战和运动战，极大地威胁着敌人的侧后，迫使敌人不得不放弃正面进攻忻口的计划，改由从正太路西进，攻打娘子关。日军沿河北南下的部队在占领石家庄和邯郸后，就集中平汉线上的全部兵力攻向娘子关。娘子关不幸被日军攻下，日军从东面向太原逼近，忻口守军陷入背腹受敌的困境之中。阎锡山和卫立煌决定放弃忻口，退守太原。11月2日，各路军队陆续南撤，转入太原附近的阵地。
持续了二十多天的忻口战役，我方伤亡5万余人，消灭敌人2万余人，是抗战初期华北战场上规模最大、战况最烈的一次战役。中国军队，包括中央军、晋绥军和共产党领导下的八路军，在战斗中团结一致，相互配合，不怕牺牲，英勇抗击日冠的精神，对全国人民的抗战热情起到了极大的鼓舞作用。但这次战役，忽视了敌强我弱的基本特点，未能以运动战为主，辅以游击战和阵地战，灵活机动地削弱和消灭敌人的有生力量，而是以单纯的阵地战进行防御，使中国军队蒙受了不应有的巨大损失。事实充分证明，片面的军事抗战，在中国当时的条件下是行不通的。
忻口撤兵后，为了保住自己的老窝太原，阎锡山虽然作了很大努力，由于卫立煌不同意固守太原，率领中央军向南撤退，而晋绥军的王靖国部又临阵脱逃，致使太原成为一座孤城。阎锡山早早地离开太原走了，请缨守城的傅作义率6000劲旅抗击10万日军，坚守三天后撤退，太原失守。 11月，阎锡山到达晋南重镇临汾。随后，八路军驻晋办事处、十八集团军总部、中共中央北方局、中共山西省委也都陆续到来，临汾成为山西和华北的抗战中心。
1938年2月，阎锡山不甘心失去大半个山西，提出要反攻收复太原。而日军也集结了雄厚的兵力，由北向南开进，意在进犯晋南。双方几次接触，阎看到反攻的可能性不大，就将兵力转移到山区。日军在占领交通沿线的大小城市后，也就开始向山区进攻。在“川口战役”中，第19军军长王靖国仗着是阎锡山的亲信，临阵保存实力，置军令于不顾，避免与敌交锋，致使全线溃败。第二战区执法总监张培梅勃然大怒，要求以军法处置。阎锡山却不允所请。性情暴烈的张培梅，一生对阎锡山忠心不贰，眼见晋绥军一再败北，自己“杀一儆百”，严肃军纪，振奋士气的主张又不为阎锡山所采纳，因而忧愤至极，萌生自杀以警众人的念头。果真，他吞下大量大烟土，自杀于隰县午城镇。张培梅的过激行动，意在警告阎锡山需要重振军威，否则晋绥军将溃散难收。阎锡山心中明白，这位追随他多年的亲信，以死明志，难能可贵。因此，他在祭文中悲痛地表示：“你很爱国，你很壮烈，你以为晋民苦矣，国家危矣，不忍睹，不堪睹，君乃自了！……我则不作如是感。我国有二千年大一统之光荣，亦随有二千年大一统之遗毒，使维新革命均无大效。经此疯狂自损之日本军阀一打击，必能去旧鼎新，而成现代之国家。我不悲观……”从这里也可以看出，阎锡山当时的目光还是比较远大的，对抗战及抗战后的中国前途抱有信心。
抗战以来的几次战役，也使阎锡山认识到，单纯坚持阵地防御战往往被动挨打，面对日军的强大火力，损失太大。共产党、八路军采用的游击战，灵活机动，在运动中打击和消灭敌人，不断发展壮大自己，行之有效而且愈战愈强。因此，在晋绥军遭到重创，元气大伤的情况下，他不得不转而向共产党寻求支持和依靠，产生了与共产党全面合作的想法。毛泽东通过彭雪枫向阎锡山提出具体意见，指出：游击战争应处于敌人的侧翼和后方，具体到山西，则应分成晋西北、晋东北、晋东南、晋西南四个区，向进入中心城市占据交通要道的日军，采取四面包围袭击的姿态。阎锡山对毛泽东的建议表示赞赏，同意八路军分别以五台山、管涔山、太行山、吕梁山为依托，建立根据地，开展敌后游击战争。阎锡山一面整顿晋绥军，一面依靠决死纵队和八路军，与日军形成了相持的局面。在政治上也向着共产党的主张靠拢。他以第二战区司令长官的名义，公布了薄一波起草的《山西民族革命十大纲领》。纲领中提出了全民抗战，组织自卫队和游击队，开展游击战争，铲除汉奸卖国贼，执行合理负担，改善人民生活等十大任务。牺盟会以“为保卫山西血战到底”为动员口号，广泛动员和组织群众参加抗日活动。省内的抗日游击队、人民自卫队及牺盟会员、农救会员迅速增长到100余万人。决死纵队也进行了扩编，活跃在晋东南、晋西北、晋东北，与八路军建立的晋绥、晋察冀、晋冀豫抗日根据地协同配合，以山西为中心开展了艰苦卓绝的抗日救国战争。
国民政府所在地的南京于12月也沦于敌手，日军在南京制造了震惊中外的大屠杀惨案。国民政府迁往重庆，武汉成为当时的政治和军事中心。全国的抗战进入了艰难的相持阶段。阎锡山为了争取全国各界对处于抗战第一线的二战区予以政治和人力的支持，倡议在山西开办“民族革命大学”，这一倡议得到了文化界进步人士沈钧儒、潘汉年、邓初民等的响应和支持。1938年1月，设在临汾的“民族革命大学”正式开学，除本校外，另设有一个分院和四个分校，一期的学生就达5000余人。学生来自全国各地，北到长白山下，南至珠江流域，南北共有十八个省份的青年，还有归国参加抗战的南洋华侨。从政治信仰来看，有共产党员，国民党员，三青团员，也有无党无派人士和宗教人士。这些来自五湖四海的热血青年，为着抗击日寇侵略，争取民族独立、自由，聚集到了汾河之滨，当时的确是山西的一大盛事。阎锡山亲自兼任民大校长，许多著名人士和学者，如李公朴、江隆基、何思敬、陈唯实、施复亮、侯外庐、周巍峙、徐懋庸等，都到民大任教。民大讲授的课程，有阎锡山的“物产证券”、“按劳分配”，“中的哲学”等内容，也有马克思主义的唯物辩证法、社会发展史、政治经济学、社会科学概论等内容，还有抗日民族统一战线、日本帝国主义侵华史、抗日军队政治工作、群众工作等内容，呈现出抗日统一战线的鲜明历史特点，也充满抗日统一战线的深厚实践气氛。一时间，山西南部小小的临汾成为全国抗日救国运动的中心之一。
山西这种热气腾腾、蓬勃向上的抗日局面，显示出了中国人民团结救国的英雄气慨，显示了中国共产党高举着的抗日民族统一战线的强大生命力，也显示了阎锡山守土抗战、爱国联共的热情。应当说，与共产党共舞，为抗战建功立业，这是阎锡山一生中最灿烂的岁月。
追随蒋介石 限共反共屡遭挫
由其阶级立场和切身利益所决定，阎锡山在凄惶地回顾自己只剩下了两、三万人马时，他感到了一种新的危机，他的算盘也就开始了另外的算计。尽管眼下还需要八路军、决死队和牺盟会对付日本人，维持山西的大局，但考虑到八路军、决死队将来绝不可能成为自己的军队，以后要控制山西，统治山西，就不能允许这几股力量过于强大。尤其是新军决死队，这时已由原来的四个总队（相当于四个团）迅速发展成为四个纵队（相当于12个团）。名义上还是他的队伍，但却是在共产党的控制之下，与八路军关系密切。这越来越成为他最大的一块心病。
因此，1938年6月，在吉县古贤村召开秘密军事会议时，阎锡山就有感而发地向着他的部下发了一通议论说：“这次会议，是给你们开追悼会的。但是如果你们懂得了道理，也可以说是庆生会。”接着，他算了一笔账：自抗战以来，某友军人员增加了四倍，我军某军却减少了一半。按此比例，再过10个月，友军的一变成了十六，我军某军的一却变成四分之一，这就成了六十四比一的结果。一膨胀一缩小，可怕不可怕？说的明白一点，就是晋绥军抗光了，八路军不但没减少，反而增加；再加上牺盟会、决死队与共产党、八路军合作，今后还有我们晋绥军的立足之地吗？
出于私利，在阎锡山的算盘上，民族大义开始被推到了无足轻重的位置。他念念不忘的是晋绥军也就是自己的“存在”，在八路军和决死队手里的地盘，虽然是还是中国人的地盘，但不能算作自己的地盘。
接着，他又在古贤村召开了“抗敌行政工作检讨会议”。会上抛出了《抗敌行政机能十大纲领》、《抗战人员必戒二十条》、《抗战必要条件六项》等文件。特别是《抗战人员必戒二十条》，是他召开这次会议的中心内容。表面上是对所有抗战人员提出的基本要求，而实际上，是针对着革命势力，为加强对牺盟会、决死队的控制而提出的。如“军队妨碍行政者必戒”，“言论足以挑动阶级斗争者必戒”，“滥委人员，成立游击队，强迫人民供应者必戒”，“越权处罚汉奸者必戒”等等，都对积极主动抗日的牺盟会和决死队暗藏着杀机。阎锡山在讲话中，更露骨地表示，“二的利害成不了一的团结，二的认识成不了一的行为”，对于不合他的要求的势力和做法，要“恕而消之以处善，缩而灭之以惩恶”。两次古贤会议，其目的十分明显，完全是有针对性地限制和阻止共产党领导下的革命力量的发展，为从军事到政治破坏抗日救亡运动做准备。
1939年1月，国民党的五届五中全会在重庆召开。武汉失守后，日本帝国主义改变了对国民党政府以军事打击为主的方针，逐渐将其主要兵力向敌后根据地转移。与此相应，国民党也逐渐将其政策的重点，向着反共反人民蜕变。会议以“整理党务”和研究“如何与共产党作积极之斗争”为主要议题，蒋介石发表讲话，要“唤醒党魂”，确定国民党的政策重点由对外转向对内，制定了一系列“溶共”、“防共”、“限共”、“反共”的政策。这些论调和做法，反映了历史在这一阶段出现的新特点，也与阎锡山的想法一拍即合，于是，他紧紧追随蒋介石，把自己的政策也由联共转向防共、反共。而且，对于蒋介石的种种做法，他还感到不满足，他标谤说：“共产党太左，国民党太右。在土地问题上，共产党让贫农分房分地，驱赶地主扫地出门，不公道；国民党对土地这个大问题，一袭旧制，让老百姓交了粮银便了事。我主张土地公有，实现耕者有其田，不赞成搞阶级斗争。……蒋先生重视军事反共，我则重视思想防共。思想防共，才是釜底抽薪的办法。”
1939年3月，阎锡山在陕西宜川秋林镇召开了“第二战区军政民高级干部会议”，标志着从此将防共反共放在了抗日之上。
会上，阎锡山在分析形势时说：“我们现在已处于抗日的最前线，陷入日军攻击与八路军包围之中，蒋介石不足畏，毛泽东……倒是个可怕人物。现在的形势是，蒋要抛弃异己，看来是想借日军之手消灭我们。处在这样的环境里，只抗日第二，防共第一才能立足。”他认为，抗战的前途是“中日不议而和，国共不宣而战”。他提出了“抗战走上最高峰”和“无条件存在”的口号。就是说，抗战已经到顶了，今后的任务是不择手段地谋求存在，因此，“抗战只是手段，复兴才是目的”。在阎锡山这些论调的操纵下，他手下的军政要员们对牺盟会群起而攻之，各地的地主豪绅还组织代表团，向阎锡山哭诉牺盟会、决死队和各抗日团体的所谓“暴行”。会议决定，取消新军决死队的政治委员制度，文官不得兼任军职。阎锡山还声称，这是蒋委员长的命令，山西不能不执行。薄一波等针锋相对地与他们进行了斗争，但经请示上级，为了维护抗日大局，决定暂不摊牌。于是，薄一波等人的决死纵队政治委员职务被解除。阎锡山又根据所谓“五统一”的方案，统一编制、统一训练、统一指挥、统一人事、统一待遇，取消了决死队原有的番号，把新军统一到旧军之中。
秋林会议是阎锡山由联共抗日变为积极反共的转折点。
会后，阎锡山以各种借口，阻止参加会议的牺盟会和决死队领导返回原地，企图用调虎离山计分化瓦解，伺机向他们开刀。同时，就不断派遣大批所谓“联络员”、“视察员”到新军中活动，并把新军的干部抽调到秋林“受训”，进行分化瓦解的“突击”。但这些措施没有取得期望的成效，阎锡山就变本加厉，撕下伪装，公开叫嚣“要破除情面，大刀阔斧地实行突击”，“哪个部队障碍进步，阻挠革命，要不客气地铲除了他”。指示地方政府，对八路军进行经济封锁，“绝不能用咱的粮食供给别人”，恶恨恨地说“要饿死八路军，困死八路军，赶走八路军”。同时施展各种手段，向新军发难。如：策动新军中的旧军官发动叛变，杀害军中的政工干部，杀害地方政府中进步人士等。阎的亲信和智囊赵戴文在秋林会议上曾宣称，“霸道不行，就要实行恐怖”，他们对新军的仇恨已经到了必欲置之死地而后快的地步。1939年10月，在秋林又举行了“民族革命同志临时代表大会”，出席会议的三百余人，都由阎锡山亲自指派，称得上是一次核心机密会议，为进行反共做最重要的准备。会议期间，秋林的街头贴出了匿名的漫画。漫画画的是：阎锡山骑着毛驴，席尚谦在前，手拉缰绳，口吹喇叭，吹出的是“反共”二字；杨吉贞跟在后面，腰插板斧，手持手枪，板斧上写着“特务”二字。漫画入木三分地揭露出了阎锡山内心的阴谋，说明即便在他控制森严的亲信队伍中，仍然有抗日爱国的明眼人。
12月，经过充分准备的阴谋终于出笼了。此时，日军兵分三路，向决死2纵队所驻地合围进攻。阎锡山以第二战区司令长官的名义，下令对日军实行所谓“冬季攻势”，命令决死二纵队韩钧、张文昂部向同蒲路霍县至灵石段的日军发起进攻。在他们的背后，部署了晋绥军的两个军作为“总预备队”，而这个“总预备队”的真正任务却是与日军对决死二纵队形成两面夹攻之势，以便在日军未能消灭决死队时，伺机从决死队背后开刀，一举消灭。如果决死二纵队不听从命令，就给他们扣上“叛军”帽子，公开予以歼灭。这算盘也可谓精明而又不露声色。
12月5日，决死二纵队的196旅旅部遭到晋绥军的无端袭击，抗日将士们忍无可忍，被迫实行自卫，并以二纵队政治部主任韩钧的名义，向阎锡山发出电报。电报称：“伯川先生，王（靖国）、陈（长捷）两贼，欺我太甚，我不能不实行自卫，将在外君命有所不受。学生韩钧。”阎锡山接到电报，马上召集高干会议宣布了来电，并以鸡蛋里挑骨头的狡诈口吻说：“我是司令长官，他称我先生；他是我部下，而自称学生。明白表示不相隶属，韩钧反了。”于是，宣布“韩钧叛变”，任命陈长捷为“讨叛”总指挥，率兵向决死队进攻。按这个逻辑，阎锡山称蒋介石为先生，早已经是一个大叛逆。真所谓“莫须有”的罪名。阎锡山急不可耐地向抗日的决死队挥起了屠刀，这就是所谓“十二月政变”。阎锡山出动了47个团的兵力，分三路向决死二纵队和八路军晋西支队发起了进攻。接着，事变又扩展到晋西北、晋东南和晋东北，阎锡山向抗日武装全面开战。虽然经过了长时间的准备，但战事发展却与阎锡山的愿望背道而驰。在日军面前节节败退的军队，却向抗日的军队发起进攻，倒行逆施，难得人心。晋西北的战事，以阎锡山的彻底失败告终；晋东北，由于八路军的力量占绝对优势，阎锡山也损失惨重；在晋东南，决死队和抗日民主政权受到不同程度的伤害。在共产党的领导下，各新军部队在自卫反击中，都采取了顾全大局的克制态度。大敌当前，为了不在内部造成更大混乱，反击的矛头只是指向王靖国、陈长捷等军人，提出“抗日、拥阎、讨逆”的口号，给阎锡山留下回旋余地。在实施作战计划时，也只以击溃顽军为目标，没有采取全歼的方针。