林月如为了救灵儿，身死锁妖塔，挚爱红颜的一夜逝去，令李逍遥不胜悲痛，而赵灵儿的性命也岌岌可危。
李逍遥的在圣姑的叮嘱下，前往女娲庙寻找五颗灵珠，却在命运的安排下，穿越回十年前的南诏国。
李逍遥想改变所有人的宿命，可他一番费劲心思下来，历史的进程根本没有被改写，已经离去的人，终究还是没能救回来。
与此同时，阿奴的身份也被揭晓，在酒剑仙的一再追问下，圣姑终于亲口承认，阿奴就是她和酒剑仙的女儿，当年巫王巫后大婚，对青儿情根深种的酒剑仙，大醉之后辜负了深爱他的圣姑，如今总算父女相认，他唯一的念想就是尽力弥补阿奴这么多年来缺失的父爱。
阿奴对酒剑仙也是满满的孺慕之情，她终于见到了这么多年来心心念念的父亲，她生怕自己一觉醒来，爹爹又不见了踪影。
唐钰小宝当初坠落后，身受重伤，被拜月教所救。
拜月教主给阿奴开出的条件是‘用自己的灵魂作为交换，可以将唐钰小宝从沉睡中唤醒’。
阿奴没有丝毫犹豫，就答应了拜月教主的要求，心甘情愿的把灵魂交给了对方。
随后，唐钰小宝醒来，却发现将灵魂交给拜月教主的阿奴，已经变了一个人，从一个极端走到了另一个极端，变得冷血无情，喜好杀戮。
拜月教主这么做的目的，就是想告诉所有人：天底下根本不存在什么情谊恩爱。
他所做的一切努力，包括想要牺牲掉灵儿和巫后，都是为了获得大地之力来重塑整个世界，创造一种至善至美的‘新人类’。
唐钰小宝被阿奴所伤，自断双臂，出来后，又发现阿七也加入了拜月教。
回来后，唐钰小宝将在拜月教看到的一切告诉了众人，圣姑和酒剑仙联手，一路杀进了拜月教，却被拜月教主一语道破真相：阿奴是圣姑的女儿。
这在南诏国是不被允许的，因为圣姑是神圣的象征，不允许与人私通，酒剑仙却是凡俗男子。
这种危急的情况下，李逍遥本想带着赵灵儿离开南诏国避难，却被赵灵儿阻止，她想承担女娲后人的责任，救南诏国亿万人民于水火之中。
于是，李逍遥和赵灵儿返回皇宫。
此时，刚好拜月教主正在审判酒剑仙和圣姑，被拜月教蛊惑的人民叫嚣着要杀了圣姑和酒剑仙。
巫王下定决心，决定当场解散拜月教，并惩治拜月教主多年来犯下的罪孽，可他们却低估了拜月教在南诏国的影响力，全国上下的百姓一齐下跪，在万民的胁迫下，巫王收回成命。
当天晚上，灵儿诞下了她和李逍遥的女儿。
随后，李逍遥、酒剑仙、南蛮将军再一次杀进了拜月教，颓唐了半辈子的酒剑仙平生第一次感受到了什么叫真实。
可是他却遇见了将灵魂出卖给了拜月教主的阿奴。
面对阿奴，酒剑仙不忍心动手，却被阿奴一剑封喉。
阿奴亲手送走了自己的父亲。
谁也没想到那个天地间豪情傲然，谈笑江湖的酒剑仙，那个一生都辗转于爱与道，辗转困惑难以自拔的莫一兮，竟然离去的如此猝然。
这次进攻失败，在策划下一次大战之前，李逍遥向赵灵儿提出了一个请求，那就是完成最后一个“鞠躬”。
在仙灵岛上时，李逍遥自认配不上灵儿炽热的喜欢，一番思量下当众逃婚，没有完成成亲时的最后一拜，便成为了两人至今的遗憾。
赵灵儿答应了他，最后李逍遥和赵灵儿在圣姑等人的见证下再次成了亲。
成亲后，李逍遥和唐钰小宝再次杀进拜月教，拜月教主反而和善的将两人请了进来，并展示了一张大地的手绘图。
这就是拜月教主想和两人探讨的命题，这个世界根本就是圆的，就比如说李逍遥借女娲之力，穿越前十多年前的南诏国，初衷是决心改变历史，特意带着灵儿往最西边飞，自以为远离了他去过的那个仙灵岛，灵儿就不会和自己相遇，更不会被拜月教徒找到，只要一切还没有来得及开始，悲剧就不会发生。
但实际上历史的进程滚滚向前，李逍遥什么都没能改变，他以为是拜月从中作梗，其实造成现下所有的悲剧的，恰恰是李逍遥自己。
那一日李逍遥故意把灵儿送去了最西边的小岛上，却忽略了当天的太阳久久没有落山，因为他们脚下的这个大地是圆的。
起始即是终结。
这也就能解释的通，为何李逍遥之前费尽心思却还是让历史重演了，是他亲自送灵儿去了仙灵岛，是他提醒酒剑仙千万不要去余杭镇教一个叫做李逍遥的武功，却没料到酒剑仙因为赌气非要和他的嘱托对着干，是他收束的世界线，完成了整个时空闭环。
拜月的这一番言论，李逍遥两人虽然没有尽信，心里却不免存了一份疑虑，随后他们找到了阿七，可此时的阿七却像是变了一个人。
不仅冷淡的轰两人离开，还告诉他们，阿奴已经奉拜月的命令去寻找灵儿和圣姑了，李逍遥和唐钰小宝听闻大惊失色，匆忙赶回家中，果然迎面撞见了阿奴，两个人知道她是被控制的，谁都不敢下重手。
唐玉甚至眼也不眨的，迎上了了阿奴的利刃。
这时候的拜月，正在窥探着一切，一向对爱情嗤之以鼻的他，万万没有想到，阿奴竟然真的在唐钰小宝的呼唤下重新寻回了神智。
而阿奴醒来后，又恢复了往日的天真俏皮，至于她被当做傀儡期间的记忆，似乎已经随着拜月的诅咒一起烟消云散了。
她只是疑惑唐钰小宝为什么没了双臂，大家望向自己的眼神为什么如此凝重，以及她好不容易重逢的爹爹为何不见了。
众人默契的没有告诉她真相，扯了个谎算是瞒了过去，可谎言终究是谎言，时日久了，就连粗心的阿奴也发掘出了不对劲。
随后，李逍遥收到了来自阿七的战书，其实他心里也明白，自己和阿七这一战在所难免。
百感交集之际，他拎着两罐佳酿，欣然赴约。
昔日挚友，而今却不得不刀剑相向。
率先出手的是阿七，在和阿七的缠斗中，李逍遥不断质问着为什么，为什么阿七要成为拜月的走狗，为什么非要逼他们师徒反目，为什么事情会变成如今这副模样。
阿七的身手自然是比不上李逍遥，连一招都走不过，但是他使了个诈，用剑刺中了李逍遥的心脏。
阿七回到拜月教，便奉上了李逍遥随身携带的，装有五颗灵珠的葫芦，在亲自验过真伪后，拜月也打消了对他的怀疑，将其当成了自己唯一的知己，信任有加。
然而拜月不知道的是，向来自负聪明的他，生平第一次被欺骗了，李逍遥并没有死。
阿七的那一剑没有刺中李逍遥的要害，只是刺中了不死劫，暂时让人呈现出假死的状态而已。
李逍遥等人这也才明白，阿七并没有投向拜月教，他之所以不惜风险设计这件事，一定有他自己的良苦用心，他们也正好将计就计，通过李逍遥表面上的死，让国民看清拜月教的真面目。
在灵儿的说服下巫王终于放弃了所谓的和平治国，亲下旨意，铲除拜月教。
令人意料之外的是，拜月竟然平静的接受了旨意，任由皇宫卫兵将自己押入大牢。
在他眼里，一个即将重塑的天地是不用存活那么多无知的人的。
然而最令拜月意外的，是夜晚的星象，属于李逍遥的已然消失的星星居然又重新出现了，也就是说李逍遥根本没有死，阿七骗了他。
拜月教主轻而易举的走出了牢笼，在确认了李逍遥的坟冢里空空如也后，他头一次生出了怒意。
另一头，阿七竟然趁拜月不在，抓紧时间查找着古书，希望可以从中找到打败拜月的方法，却没想到拜月越狱后的第一件事儿就是处变不惊的找他问罪。
阿七坦然的告诉了他什么是不死劫。
人体于心房的一个位置，有一个神奇的脉位，如被尖物刺入，是不会造成致命伤害的，只要及时止住血，不会有生命危险。
随后，拜月刺入了阿七的不死劫，并施法令其血流不止。
临死之前，阿七找到了李逍遥和唐钰小宝，告诉他们，拜月的弱点就是那对儿被祝福过的人面吊坠，只要诚心向它许愿，一切皆有可能发生，只是许愿的那对情侣会因此化为飞鸟。
最后，终于迎来了故事的结局。
渴望重塑天地、再造人间的拜月终于有了动作，他故技重施唤出水魔兽，借此机会逼出灵儿，洪水淹没了整个南诏国。
赵灵儿决心为天下子民而战，李逍遥明白她的心智不再加以阻拦。
两人齐上阵，赵灵儿换回女娲族原身与水魔兽展开搏斗，拜月则交给了李逍遥，只是双方实力的确悬殊，竟无一是其对手。
与此同时，阿奴在洪水中避难时，眼见拜月教徒展开屠杀，曾经的记忆一时间喷涌而出：
她是如何在神智全无的情况下断了唐钰小宝的双臂，还亲手杀了自己的亲爹。
唐钰小宝找到阿奴时，她难以接受这一事实，坚持让唐钰小宝动手杀了自己。
唐钰小宝告诉她，最可恨的不是当时被当做傀儡的她，而是真正的罪魁祸首拜月。
除此之外，唐钰小宝还向阿奴讲述了关于人面吊坠的传说，以及阿七查到的破解方法，只要爱的力量足够强大，那么许下的愿望就必然会实现。
为了大地重获安宁，两人不在乎牺牲，共同向吊坠许下了愿望，随后便双双化作了比翼鸟。
阿奴和唐钰小宝的愿望生效了，大地之力正在恢复，世界重获新生。
拜月失策了，他没想到世上真的存在海枯石烂，矢志不渝的爱，更没想到自己最瞧不起的爱情，会成为打败他的一柄利刃。
可为什么从头到尾只有他从未得到过爱呢？失去了倚仗的拜月，像是突然放下了什么执念，毫不躲闪的接下李逍遥几乎拼尽全力的一招。
意识涣散的一刹那，记忆犹如走马灯一般浮现。
他想起石长老教导自己时，严厉外表下的慈父心肠，想起义父的多年教诲，想起自己追寻一生的爱，其实他早就在未曾察觉时得到了。
他不是没有得到过爱，只是到了最后，将一切温暖与爱舍弃的，正是他自己。
拜月死了，但水魔兽还在肆虐，赵灵儿找准时机钻进水魔兽的腹中攻击，总算见了成效，水魔兽死了，但灵儿也因此力竭，坠入湖中生死未卜。
正当李逍遥万念俱灰之际，以为灵儿死了的时候，赵灵儿从水中浮现了出来，刮了刮李逍遥的鼻子。
李逍遥失而复得，喜极而泣，两人并肩而行，一边畅想着未来，一边往家的方向走去。
可是李逍遥一伸手，却发现满手都是血。
原来，在打败水魔兽之后，赵灵儿就已经身负重伤，她是为了不让李逍遥孤单一人，才强撑着一口气，来见李逍遥最后一面的。
最后，赵灵儿在李逍遥的怀中，笑着离去了。
酒剑仙死了，林月如死了，阿七死了，赵灵儿死了，唐钰小宝和阿奴化鸟了，就只剩下了李逍遥的一个人。
剑圣对李逍遥道：
“孩子，放下吧。”
李逍遥道：
“你明白吗？”
最后一集最后一个镜头，李逍遥抱着他和赵灵儿的女儿，看着天边，独自怀念着故人……
看完，所有观众都绷不住了，眼泪止不住的流，不敢相信这就是《仙剑一》的大结局。
“不是，认真的吗？这尼玛是结局？！”
“给我刀傻了！”
“为什么为什么为什么！就不能给个圆满的结局吗？！”
“给了希望又戳破的刀子！”
“失而复得又得而复失…”
“这段太虐了，给人希望，又让人失望.”
“死完了，一个没了，唉~”
“看到最后以为灵儿死了，没想到活了，以为活了，没想到又死了，二连击破啊！成丞你不当人！！！”
“看到成丞把灵儿写死，真想DAO编剧！起码写在湖中久久不出来，或者让剑圣出手帮助都行啊，直接就写死，气人哎！”
“成丞太狠了，我还以为灵儿湖中归来是结局，上了个厕所回来，人都蒙了！”
“就停在湖中归来多好，成丞吃我刀片！”
“我一个男人都哭了，唉，太可惜了。”
“眼睛进航母了。。。
“娘的，爷的眼泪不值钱！”
“杀了我吧，我来替她！”
“啊啊啊啊啊啊我哭死了，我的灵儿小可爱啊！”
“啊啊啊啊啊啊！！！！被成丞乱刀砍！还杀人诛心！”
“什么？灵儿也死了？兄弟们，我走了，这大结局我就不看了啊，让同志们看！”
“之前和朋友赌说是he，看到前面以为自己赢了，结果…”
“哭死了，给了你希望又亲手毁灭。”